6巻
回想「石神白夜」、司帝国の襲撃、氷月：登場、日本刀作成、vs氷月ひきいる先遣隊、ケータイ作成を目指す、わたあめ機作成、ギア作成、水車作成、水力発電所作成
7巻
バッテリー作成、電球作成、千空・クロム・マグマ：洞窟探検、タングステンゲット、天文台作成、千空の誕生日、カセキ爺とモノ作りの友達、タングステンフィラメント作成、暖炉作成、電波を作成、ケータイを作成、百物語「スピーカー」からレコードを見つける、白夜のレコードを再生、ゲン：千空に「二人で仲良く地獄に落ちる」作戦を提案、ストーンウォーズ開戦、音爆弾
8巻
閃光玉、ほむらを追跡・確保、クロム隊：司の本拠地に到着、ケータイ設置、大樹と杠：千空とケータイで会話、ぜんまい作成、リリアンの替え玉作戦で司軍ニッキーを仲間に引き入れる、クロム：羽京に捕まる・司と対面、蒸気機関で自動車作成、
9巻
クロム：脱獄成功、奇跡の洞窟占拠作戦、vs氷月・司、ダイナマイト紙飛行機、司と停戦、氷月：司を裏切る
10巻
千空＆司vs氷月、第三章 Dr.STONE 開幕、船造り開始、七海龍水：登場、石油探し開始、通貨「ドラゴ」：流通開始、杠作成の服でファッションスナップ、気球完成